Medico che Fattura a una Struttura Sanitaria [2026]

C'è un caso, nella fatturazione dei medici, che ribalta la regola generale e genera più dubbi di ogni altro: quando il medico fattura a una struttura sanitaria e non al paziente. Verso i pazienti la fattura elettronica è vietata, ma verso una clinica, un poliambulatorio o una società la fattura elettronica torna obbligatoria. Questa guida chiarisce quando scatta, perché, e come cambiano IVA, ritenuta e Sistema Tessera Sanitaria.

Quando il medico fattura a una struttura, cioè a una società o a un ente e non a una persona fisica, deve emettere fattura elettronica tramite il Sistema di Interscambio. È l'esatto contrario del divieto che vale verso i pazienti: a fare la differenza non è il tipo di prestazione, ma chi è il destinatario che paga la fattura.

Ultimo aggiornamento: luglio 2026

In sintesi, la regola è questa:

• Fattura al paziente (persona fisica): mai elettronica, si emette cartacea o PDF, con invio al Sistema TS.
• Fattura a una struttura (società, clinica, ente): fattura elettronica obbligatoria via Sistema di Interscambio.
• Discrimine: conta chi è il committente che paga, non la natura sanitaria della prestazione.
• IVA: le prestazioni sanitarie restano esenti articolo 10 anche verso la struttura, ma il formato è elettronico.
• Ritenuta d'acconto: di norma il 20 per cento se il medico è in regime ordinario e la struttura è sostituto d'imposta.

Il caso che confonde tutti: paziente o struttura?

La confusione nasce da una semplificazione diffusa: "i medici non fanno la fattura elettronica". È vero solo a metà. La frase corretta è: i medici non fanno la fattura elettronica verso i pazienti. Verso le aziende e le strutture, invece, la fanno come qualsiasi altro professionista.

Il punto di partenza è la stessa base normativa che regola tutta la fatturazione sanitaria: il divieto di fattura elettronica per le prestazioni ai pazienti, reso permanente dal Decreto Legislativo 81/2025, e trattato nella nostra guida madre sulla fattura elettronica del medico. Quel divieto protegge i dati sanitari dei cittadini e vale solo nel rapporto con la persona fisica. Fuori da quel rapporto, la regola generale della fattura elettronica torna a valere.

Perché verso la struttura scatta la fattura elettronica

Il motivo è tecnico ma lineare. La fattura elettronica via Sistema di Interscambio è la regola generale per tutte le operazioni tra soggetti titolari di partita IVA. L'eccezione riservata alle prestazioni sanitarie riguarda il rapporto con il consumatore finale, cioè il paziente persona fisica, per tutelarne i dati di salute. Quando invece il medico fattura a una società o a un ente, il destinatario è un altro soggetto passivo IVA: non c'è il dato sanitario del cittadino che transita nel circuito, e quindi non c'è ragione per l'eccezione.

Tradotto nella pratica: la fattura del medico alla clinica per cui presta servizio è una normale fattura B2B, che segue le stesse regole della fattura di un ingegnere alla sua committente. Deve passare dal Sistema di Interscambio, con codice destinatario o PEC della struttura.

I casi tipici in cui il medico fattura alla struttura

Non è una situazione da grande ospedale: capita ogni giorno anche negli studi e nei poliambulatori. Ecco i casi più frequenti.

• Il medico in collaborazione con un poliambulatorio o una clinica, pagato dalla struttura per le prestazioni rese per suo conto.
• Le sostituzioni e i turni a gettone, in cui il compenso arriva dalla struttura e non dal singolo paziente.
• Le prestazioni specialistiche per conto della struttura, dove è la clinica a incassare dal paziente e a retribuire il medico.
• Le consulenze e le refertazioni per aziende, laboratori o enti, tipiche della medicina del lavoro e della diagnostica.

In tutti questi casi il committente che riceve la fattura è la struttura, non il paziente, quindi la fattura è elettronica. La stessa dinamica organizzativa, cioè più medici che ruotano nella stessa struttura, è il cuore della gestione di un poliambulatorio, dove tenere traccia di chi ha reso quale prestazione diventa un tema quotidiano.

IVA, ritenuta e bollo: i dettagli che cambiano

Passare dal paziente alla struttura non cambia solo il formato del documento. Cambiano anche tre dettagli fiscali.

L'IVA resta un tema a sé. Le prestazioni sanitarie sono esenti IVA ai sensi dell'articolo 10 del decreto IVA, e questa esenzione può valere anche quando il destinatario è una struttura, se la prestazione è effettivamente sanitaria. Attenzione però: esenzione IVA e obbligo di fattura elettronica sono due cose diverse. Una fattura può essere esente IVA e comunque elettronica. Il formato dipende dal destinatario, l'IVA dalla natura della prestazione.

La ritenuta d'acconto entra in gioco proprio verso le strutture. Se il medico è un libero professionista in regime ordinario e la struttura è un sostituto d'imposta, la fattura riporta la ritenuta del 20 per cento sul compenso, che la struttura trattiene e versa per conto del medico. I contribuenti in regime forfettario, invece, non subiscono la ritenuta e lo dichiarano in fattura con l'apposita dicitura.

La marca da bollo da 2 euro si applica quando l'importo supera 77,47 euro ed è esente IVA, come nelle prestazioni sanitarie. Sulla fattura elettronica il bollo è assolto in modo virtuale, con il versamento periodico gestito tramite il portale dell'Agenzia delle Entrate.

E il Sistema Tessera Sanitaria in questo caso?

Domanda giusta, perché qui l'automatismo si rompe. Il Sistema Tessera Sanitaria raccoglie le spese sanitarie sostenute dai cittadini, e l'invio compete a chi incassa dal paziente. Se il medico fattura alla struttura, e non al paziente, non è lui a trasmettere quel dato al Sistema TS: lo farà la struttura, che ha fatturato o incassato dal cittadino.

Quando invece il medico incassa direttamente dal paziente, torna il flusso ordinario: ricevuta cartacea o PDF al cittadino e invio dei dati al Sistema TS, come spieghiamo passo passo nella guida su come inviare le fatture al Sistema Tessera Sanitaria. Nei modelli misti, dove il medico a volte incassa dal paziente e a volte dalla struttura, tenere separati i due flussi è essenziale per non inviare doppioni o dimenticare un dato.

Paziente o struttura: come cambia la fattura

La tabella riassume la differenza che risolve la maggior parte dei dubbi.

Se questa distinzione ti è chiara, hai risolto il grosso. Il resto è capire, caso per caso, chi è il committente che paga. E se stai scegliendo lo strumento con cui emettere questi documenti, la guida dedicata al software di fatturazione per medici ti aiuta a valutare quale gestisce bene entrambi gli scenari.

Dove si colloca Ambulatorio Facile

Ambulatorio Facile include la fatturazione integrata con invio al Sistema TS, dentro lo stesso gestionale: la fattura al paziente nasce dalla scheda dell'appuntamento, la fattura elettronica verso strutture ed enti parte allo SdI dove la richiede la legge, e i dati delle spese sanitarie vanno al Sistema TS con invio singolo, massivo o periodico. Per ritenuta, bollo e i casi particolari il riferimento resta il tuo commercialista.

Quello che il gestionale fa già oggi, e che pesa proprio nei contesti con più medici, è tenere traccia di chi ha reso quale prestazione. Quando in una struttura ruotano professionisti diversi, l'agenda condivisa e il coordinamento del personale mettono nero su bianco appuntamenti, prestazioni e responsabilità, così quando arriva il momento di fatturare, al paziente o alla struttura, i dati ci sono già e sono attribuiti alla persona giusta. Se vuoi capire come organizzare il flusso di una struttura con più medici, scrivici dalla pagina contatti o su WhatsApp.

Domande frequenti

Quando il medico che fattura a una struttura sanitaria deve emettere fattura elettronica?

Quando il destinatario della fattura è una struttura, cioè una società, una clinica, un poliambulatorio o un ente, e non il paziente. In quel caso il committente è un soggetto passivo IVA e non un consumatore finale, quindi scatta l'obbligo di fattura elettronica tramite il Sistema di Interscambio, come per qualsiasi prestazione professionale B2B. È l'opposto del divieto che vale verso i pazienti: la differenza la fa chi paga la fattura, non il tipo di prestazione.

Le prestazioni sanitarie fatturate a una società sono esenti dalla fattura elettronica?

No. L'esclusione dalla fattura elettronica riguarda le prestazioni sanitarie rese ai pazienti, cioè alle persone fisiche. Quando il medico fattura a una società o a una struttura, il documento va emesso in formato elettronico via Sistema di Interscambio. Attenzione a non confondere due cose diverse: l'esenzione IVA (articolo 10 del decreto IVA) riguarda l'imposta, e resta anche verso la struttura se la prestazione è sanitaria; l'obbligo di fattura elettronica riguarda invece il formato, e dipende dal destinatario.

Un medico che collabora con un poliambulatorio come deve fatturare?

Se il medico è pagato dal poliambulatorio per le prestazioni rese per conto della struttura, fattura al poliambulatorio, che è una società: emette quindi fattura elettronica tramite il Sistema di Interscambio. Se invece incassa direttamente dal paziente, magari usando gli spazi della struttura, emette ricevuta cartacea o PDF al paziente e invia i dati al Sistema Tessera Sanitaria. Chi è il committente che paga determina la modalità. Nei casi misti conviene chiarirlo con la struttura e con il commercialista prima di iniziare.

Chi invia i dati al Sistema TS quando il medico fattura alla struttura?

Il Sistema Tessera Sanitaria raccoglie i dati delle spese sanitarie sostenute dai cittadini per il 730 precompilato. L'invio compete a chi incassa dal paziente. Se il medico fattura alla struttura e non al paziente, non è lui a trasmettere quel dato al Sistema TS: sarà la struttura, che ha fatturato o incassato dal paziente, a farlo. Quando invece il medico incassa direttamente dal cittadino, l'invio al Sistema TS spetta a lui.

Sulla fattura del medico alla struttura si applica la ritenuta d'acconto?

Di norma sì, se il medico è un libero professionista in regime ordinario e la struttura è un sostituto d'imposta (una società o un ente): la fattura riporta la ritenuta d'acconto del 20 per cento sul compenso, che la struttura versa per conto del medico. Fanno eccezione i contribuenti in regime forfettario, che non subiscono la ritenuta e indicano l'apposita dicitura in fattura. Trattandosi di un aspetto fiscale legato al regime, va sempre verificato con il commercialista.

La regola, una volta isolata, è semplice: se paga il paziente la fattura è cartacea e va al Sistema TS, se paga la struttura la fattura è elettronica e segue le regole B2B, con ritenuta ed esenzione IVA da valutare. Tutto il resto discende da quella prima domanda, chi è il committente. Chiarirla all'inizio di ogni collaborazione, e tenere tracciate le prestazioni durante l'anno, è il modo più semplice per non trovarsi con documenti sbagliati da rifare.

Simone Frosini, fondatore di Ambulatorio Facile